Управление ГКОУ ЦИО "Южный" осуществляется в соответствии с федеральным законом «Об образовании в Российской Федерации» №273-ФЗ, законами и иными нормативными правовыми актами города Москвы и Уставом на основе сочетания принципов единоначалия и коллегиальности.

Единоличным исполнительным органом ГКОУ ЦИО "Южный" является директор, который назначается Учредителем - Департаментом образования и науки города Москвы и осуществляет текущее руководство деятельностью образовательной организации. 

Для оперативного руководства различными аспектами деятельности ГКОУ ЦИО "Южный" Директор назначает заместителей, определяет их должностные обязанности:

• Заместитель директора по содержанию образования и конвергенции образовательных программ;
• Заместитель директора по социализации, воспитанию и безопасности обучающихся.

Заместители директора обеспечивают оперативное управление образовательным процессом и реализуют основные управленческие функции: анализ, планирование, организация контроля, самоконтроля, коррекция и регулирование.

Коллегиальными органами управления ГКОУ ЦИО "Южный" являются:

• Управляющий Совет школы
• Общее собрание работников образовательной организации
• Педагогический совет

работающие в тесном контакте с родительской общественностью, Профсоюзным комитетом, Методическими объединениями учителей-предметников и специалистов, временными рабочими группами, создаваемыми для реализации конкретных проектов.